Организация находится в ведомственном подчинении Департамента экологической безопасности, природопользования и защиты населения РМЭ. Целью его создания было обеспечение органов государственной и исполнительной власти информацией о состоянии и тенденциях изменения геологической среды, водных объектов и объектов окружающей природной среды под воздействием природных и антропогенных факторов.
Также 11 сентября 2016 года исполняется пять лет, как предприятием руководит Владислав Босый. В этом году он награжден Почетной грамотой Департамента экологической безопасности, природопользования и защиты населения РМЭ за многолетний добросовестный труд в области охраны окружающей среды РМЭ и значительный личный вклад в развитие предприятия.
Предприятие работает в разных направлениях, но можно выделить два главных отдела: отдел мониторинга объектов окружающей среды и отдел безопасности гидротехнических сооружений. Первый отбирает пробы и проводит химический анализ природных и сточных вод, атмосферного воздуха, промышленных выбросов в атмосферу, почвы, донных отложений, ила, отходов. Второй контролирует состояние 23 гидротехнических сооружений республиканской собственности, обеспечивает соблюдение норм и правил безопасности гидротехнических сооружений при строительстве, развивает систему контроля, проводит регулярные обследования.
В 2015 году ГУП ТЦ «Маргеомониторинг» награждено грамотой Правительства РМЭ за многолетнюю добросовестную работу в области ведения государственного мониторинга атмосферного воздуха и поверхностных водных объектов на территории региона. Предприятие выполняет социальные обязательства по увеличению заработной платы и улучшению условий труда работников предприятия, развивает материально-техническую базу.
